A múzeum gyűjtemény-egységei közül a néprajzi gyűjtemény– akárcsak maga a tudományszak – a legfiatalabb. A régészeti, történeti és képzőművészeti gyűjtemények alapjait a 19. században vetették meg, míg a néprajzi tárgyak gyűjtése csak a 20. században kezdődött. 1914-ben a múzeumban mintegy 50 néprajzinak besorolt tárgyat őriztek.
Az évek során a gyűjtemény folyamatosan, és egyre tervszerűbben gyarapodott, főleg az államsegélyből történt vásárlások révén. Tragor Ignác az 1930-as években államsegélyből már tervszerűen tárgyvásárlásokat folytatott, elsősorban pásztorkodás tárgykörben. Ezek a tárgyak (botok, fokosok, kolompok) ma már pótolhatatlan darabjai a gyűjteménynek. Sajnos, a tárgyakról eredeti dokumentáció nem maradt fenn.
A II. világháború pusztításai következtében a néprajzi gyűjtemény, mely ekkor már több száz tárgyat tartalmazott, szinte teljes egészében megsemmisült. A gyűjtőmunka az 1950-es években kezdődött újra, a gyűjtést kiterjesztve a váci, gödöllői és szobi járás 46 községére. A paraszti életmód fokozatos megszűnése, illetve a falvak átalakulása (termelőszövetkezetesítés, ingázás, kivetkőzés, stb.) miatt ekkor lett volna leginkább lehetőség néprajzi tárgyak gyűjtésére, a szakemberhiány miatt azonban az intézmény nem használta ki a lehetőséget. A múzeum önálló néprajzi gyűjteménye 1968-tól datálható, de néprajzos szakember hiányában a gyűjtések többnyire ad hoc történtek.
Az 1970-es években Philipp Clarisse gyűjtött komplett viselet-együtteseket. 1974-ben került először néprajzos muzeológus az intézményhez, Igaz Mária személyében. A múzeum néprajzi tárgyainak száma 1978-84 között, Ráduly Emil gyűjtéseinek köszönhetően megduplázódott. Különösen nagy számban kerültek be a gyűjteménybe a gazdálkodás és a háziipar-kisipar emlékei. Napjainkban a múzeumok korlátozott anyagi lehetőségei, a hagyományos népi kultúra tárgyi emlékeinek anyagi felértékelődése és fogyása miatt a múzeumok figyelme a közelmúlt és a jelen tárgyi emlékei felé fordult. A múzeumnak jelenleg egy néprajzos munkatársa van, Csukovits Anita muzeológus. 1994-ben a Váci domonkos kripta feltárásának tárgyi anyaga is a néprajzi gyűjteménybe került.
A néprajzi gyűjtemény jelenleg mintegy 7000 tárgyból és 550 dokumentumból (archív fotó, kézirat, régi nyomtatvány) áll. Legnagyobb egysége a viseleteket és háztartási textileket tartalmazó gyűjtemény-együttes, mely több mint ezer darabból áll. Több teljes viseletet őrzünk Csővárról, Püspökszilágyról, Vácbottyánból, Letkésről, Nagybörzsönyből, Fótról. Különösen gazdag a múzeum háziszőttes-gyűjteménye.
A következő nagyobb egység a háziipar és kisipar szerszámkészletét tartalmazó mintegy 800 darabos együttes. 350 tárgyból áll a gazdálkodás gyűjtemény, s hasonló nagyságrendű a múzeum népi kerámia, bútor és háztartási eszköz anyaga is. A néphit és a népszokások tárgyi világát mintegy 100 darab képviseli.
A múzeum külső raktárába történt betörés 2000-ben elsősorban a vallási néprajzi gyűjteményt érintette, szentképek, szobrok, feszületek tűntek el, illetve kerültek illetéktelenek kezébe. A múzeum néprajzi gyűjteményében önálló egységet képvisel a méltán nagyhírű 18. századi váci Domonkos kripta leletanyag közel 1800 tárgya, mely az 1994-95-ös feltárás eredményeként került a múzeumba.
