A víz erejét a Dunán is használták gabona őrlésére. Itt azonban nem a - jobbára kisebb folyókon és patakokon használt - szilárdan épített vízimalmok, hanem a folyó fősodrásába telepített, mozgatható hajómalmok váltak általánossá a folyó teljes hosszán.

Az ókori rómaiak által kifejlesztett hajómalom egyfajta alulcsapó vízimalom, mely két hajóból, az úgynevezett házhajóból és völgyhajóból áll, melyek gerendákkal vannak egymással összekötve s közöttük van a lapátos hajtókerék elhelyezve. A házhajó felső építményes s ebben van a malommű, a völgyhajó kisebb s fedetlen s a malom gerendelyéül, illetőleg a kerék második támaszaként szolgál. A lapátos kerék a folyó tükre felett keresztben fekszik és a víz folyása által mozgásba hozva, hajtja a gerendellyel összeköttetésben levő fogaskerekek közvetítésével a malomművet. A fából ácsolt építményt a folyómederbe levert karókhoz, vagy vasmacskával kötötték ki. Az elhelyezésnél fontos szempont volt, hogy kedvező vízsodorban legyen, ugyanakkor a hajózást se akadályozza. Magyarországon a hajómalmok felállítása és üzemben tartása hatósági engedélyhez volt kötve s a hajómalmok rendtartását 1888. évi 33477. számú közmunka- és közlekedésügyi miniszteri rendelet szabályozta. Működésük a vízjárás és az időjárás függvénye volt: télen, árvízkor partra kellett őket vinni, nehogy az elemek kárt tegyenek a fa alkotmányban.

Hajómalmok százai őrölték a Dunán a gabonát Győrben, Komáromban, Óbudán, Ráckevén és Baján.  A Duna Szob és Újpest közötti szakaszán a legnagyobb számban Vácnál működtek hajómalmok. A Szentendrei-ágon Szentendrénél, Kisoroszinál és Dunabogdánynál is őröltek hajómalomban, de a váci nagyságrendet – már a folyóágak eltérő szélessége miatt sem – nem érték el.  A váci hajómalmok már a hajóforgalmat is nehezítették, amely így inkább a Szentendrei-ágon zajlott. A hajósok és vízimolnárok között folyamatosan zajlott a harc a hajók verte hullámok, a rossz helyre vert karók, a malmok kivilágításának elmaradása miatt.

A váci hajómalmok valószínűleg már a középkorban is működtek, az első adat azonban csak 1546-ban, egy török összeírásban olvasható: ekkor 9 malom őrölt a Dunán. 1562-ben már 16 malom után fizettek adót. A váci vízimolnárok az őrlés mellett a famunkához is értettek. A hajómalmok javításán kívül valószínűleg hajóhidakat is építettek (Vácnál és Esztergomnál), mely a török csapatok mozgását könnyítette meg. A török kiűzése után a város pusztulásával együtt járt, hogy az életet adó gabona őrlése is jelentősen visszaesett: 1715-ben csak egy, a város malma működött. A 18. század közepére, a város fellendülését is mutatja, hogy ismét 16 vízimalom után fizetnek adót a molnármesterek. A Fegyház melletti szakaszon 4-5 sorba kötötték a malmokat – ez volt a malomrend. A váci molnárcéh 1771-ben alakult és 100 éven át működött, szabályozva a mesterek, legények és inasok életét.

A váci vízimolnároknál a mesterség apáról fiúra öröklődött. A molnárcsaládok többsége Vác Kisvác részén, a fegyház környékén lakott. Régi molnárfamília volt az Együd, a Kurdi, a Kozma, a Hevér, a Csereklye. Ünneplő viseletük világosszürke („molnárszürke”) zsinóros, ezüstgombos dolmányból és hozzá illő zsinóros nadrágból állt. A városi ünnepeken mindig felvonultak zászlajuk alatt és védőszentjük, Nepomuki Szent János ünnepét is mindig megtartották – annak ellenére, hogy legtöbbjük református volt. Nepomuki Szent János névnapjának előestéjén a többi „vizes” mesterrel (hajóssal, halásszal) együtt vízre szálltak. A vízimalmok csillag alakú gyertyás díszkivilágítást kaptak, sötétedés után pedig a molnárok és hajósok lampionokkal kivilágított ladikokon lecsorogtak a Buki-szigettől a révig, ahol ott tolongott a város lakossága, hogy élvezze a „Jánoseresztés” látványát.

A molnárok másik jeles ünnepe az újbúza előtti júniusi molnárbál volt, cigányzenével, tánccal, dunai halászlével és túrós-töpörtyűs molnárcsuszával.

A vízimalmok fénykorának a 19. század végén a hengermalmok létrehozása vetett véget (a váci Hengermalom Rt. 1889-ben alakult). A finomabb lisztet őrlő, egész évben működő hengermalom miatt egyre több vízimolnár adta fel a versenyt. Néhányan korszerűsítették a vízimalmuk őrlőszerkezetét, de a két világháború közötti évekre már csak 9, majd 3, az 1940-es évekre 1 vízimalom maradt a váci Duna-szakaszon. Az utolsó működő malom Hevér Istváné volt. A malmokból az utókorra alig maradt néhány fotó. Tárgyi emlék még annyi sem. Az utolsó malmok közül néhányat eladtak Bulgáriába, Csereklye Bálint malmát egy tavaszi jégzajlás pusztította el, Hevér István Dömösre bérbe adott malma egy viharban elszabadult a láncról, nekiütközött a hajóállomásnak és ripityára tört.